Si las infecciones por gonorrea no se tratan a tiempo o no se usa el antibiótico adecuado o por el tiempo necesario, se pueden producir las siguientes complicaciones.

• Formación de un absceso alrededor de la uretra masculina.
• Infección de las glándulas periuretrales de Skene de la mujer que puede llegar a la formación de un absceso.
• Infección de las glándulas de Bartholino de la mujer, que puede producir un absceso y necesitar de tratamiento quirúrgico.
• La complicación más frecuente de la gonorrea femenina no tratada es la diseminación a la pelvis de la mujer pudiendo producir infección de las trompas, peritonitis, abscesos en trompa y ovarios, todo lo cual puede producir esterilidad por obstrucción de trompas y adherencias y favorecer los embarazos ectópicos.
• La conjuntivitis del recién nacido puede ser importante si no es tratada a tiempo.
• Diseminación por el torrente sanguíneo e infectar las articulaciones, válvulas del corazón, hígado, cerebro, etc. Estas complicaciones pueden ser graves.

Si ocurre una infección con gonorrea, el riesgo de infectarse con el virus del SIDA aumenta. Por tanto, es extremadamente importante que se prevenga de la infección por gonorrea o tratarse de manera temprana, si ya está infectado.