Se considera una enfermedad de transmisión sexual casi exclusiva, aunque se puede transmitir por el uso de toallas húmedas, sentarse en una poceta contaminada, etc.; sin embargo, este tipo de contagio es raro porque el parásito es muy sensible al medio exterior. En general, la infección la padece la mujer y la transmisión la hace el hombre.

El parásito afecta más a la mujer, debido a los cambios de acidez durante el ciclo menstrual y a la presencia del hierro que existe en el flujo menstrual. Durante la mayoría del ciclo menstrual la vagina está ácida y el parásito no se multiplica con facilidad, pero cuando viene la regla, la acidez vaginal disminuye y el parásito de multiplica. Además, el parásito utiliza el hierro presente durante la regla, para aumentar su capacidad de adherencia a las paredes vaginales. Las mujeres embarazadas con tricomoniasis pueden tener un riesgo mayor de ruptura prematura de las membranas y un parto prematuro. En casos pocos frecuentes, el bebé se infecta durante el parto y desarrolla fiebre después del nacimiento.

En el hombre el parásito puede estar presente en la próstata, pero no suele producir síntomas porque las concentraciones de zinc, presentes en el líquido seminal, destruyen el protozoario. Aquellos hombres con bajos niveles de zinc pueden tener el parasito presente en su líquido seminal y se convierten en un transmisor de la enfermedad .