Por tratarse de hormonas a altas dosis son muy comunes los efectos secundarios como náuseas, vómitos, dolor de cabeza, mareos, sensibilidad en los senos, etc. Los vómitos que ocurren después de tomar el medicamento pueden disminuir su efectividad, sobre todo cuando ocurren en la primera hora siguiente a la toma. En estos casos es preferible tomar algún medicamento contra los vómitos, como Irtopan®, a la dosis de 1 tableta, ½ hora antes de tomar de nuevo el anticonceptivo. Si los vómitos se hacen repetidos, la AE se puede administrar por vía vaginal.

La menstruación suele venir en la fecha esperada en la mayoría de las pacientes, algunas pueden tener un sangrado irregular en los días que siguen a la toma del medicamento y otras pueden tener retraso menstrual. La dupla de retraso menstrual con nauseas puede hacer pensar erróneamente en un embarazo, pero la única forma de confirmación es mediante una prueba de embarazo si la regla se retrasa una semana.