La PFN requiere de la firme determinación y cooperación del hombre y en culturas eminentemente machistas, donde la responsabilidad del control de la natalidad recae casi por entero en la mujer, puede ser difícil de lograr. Otra desventaja es que al no requerir de control médico periódico, la mujer está menos motivada de asistir a la consulta ginecológica y se pierde el efecto de prevención del cáncer genital.

Otra complicación es la posibilidad de aborto que ocurre por falla del método. En estos casos, el embarazo ocurre por la unión de un espermatozoide viejo o de un óvulo viejo porque la fecundación ocurrió con un coito anterior o posterior al momento de la ovulación. En los estudios que se han realizado para averiguar quien es el responsable si el espermatozoide viejo o el óvulo viejo, los resultados han señalado más al óvulo.

Otra complicación que se ha señalado con el método del ritmo son los trastornos psicológicos relacionados con su uso, sobre todo en la esfera sexual. En los múltiples estudios sobre el tema, se ha encontrado ansiedad por miedo al fracaso del método e interferencia con la espontaneidad del deseo sexual, lo que ocasiona un efecto negativo sobre las relaciones sexuales.