El tratamiento de esta enfermedad puede ser médico, quirúrgico o una combinación de ambos. En principio el tejido endometrial prolifera con los estrógenos, se inactiva por la progesterona que está presente en cantidades abundantes después de la ovulación y durante el embarazo y se atrofiacon la administración de andrógenos.

Los principios del tratamiento médico son los siguientes.

1. Suprimir la producción de estrógenos ováricos, lo cual se logra con anticonceptivos orales de alta dosis (Ovral®, Nordiol®), o con los nuevos que inducen cuatro reglas anuales (Seasonal® no disponible en la mayoría de los países latinoamericanos) o nuevos anticonceptivos que están en etapa avanzada de desarrollo, donde la usuaria no tendrá la regla mientras la use. Una alternativa al Seasonal®, que si está disponible en la mayoría de los países, es mediante la administración continua de cuatro cajas de Nordette®, o sea 84 pastillas. Se suspende por una semana y se repite el mismo esquema por el tiempo que lo desee la paciente. Tiene la ventaja de sólo cuatro reglas anuales y de ser anticonceptivo. En FERTILAB ya hay una amplia experiencia con este esquema. La supresión de estrógenos también se logra con análogos de la GnRH (Luprón®, Zoladex®, etc.).
2. Decidualización del endometrio, induciendo los cambios que ocurren en el endometrio durante la gestación, donde hay producción de cantidades elevadas de progesterona, que inactivan el endometrio. Existen tratamientos con acetato de medoxyprogesterona para administración oral (Provera®, Farlutal®, etc.) y para inyección cada tres meses (Depo-Provera®). Tambien se pueden administrar progestágenos mediante dispositivos intrauterinos (Mirena®) o de implantes subdérmicos (Implanon®). Ambos productos liberan progestágenos en forma progresiva y se pueden mantener durante cinco años.
3. Atrofia del endometrio, lo cual se logra con la administración de hormonas masculinas que tienen efectos secundarios importantes y por eso no son recomendables.

El tratamiento quirúrgico se basa en la extracción del endometrioma, sin extirpar el ovario, y la electrocoagulación de las lesiones de endometriosis diseminadas en la pelvis.

Extirpación endometrioma por laparoscopia   

Extirpación Endometrioma por laparotomía

Como la enfermedad induce la formación de adherencias que favorece la infertilidad y el dolor pélvico, también es recomendable la eliminación de todas las adherencias y la reconstrucción pélvica, tratando de dejar las estructuras en la posición más anatómica posible. La intervención se puede hacer mediante laparoscopia o laparotomía.