En los inicios de la enfermedad la paciente presenta dismenorrea, asociado a la caída de sangre menstrual en la pelvis y al sangrado del tejido que quedó de menstruaciones anteriores. El dolor puede comenzar algunos días antes de la salida de la regla, es más intenso durante el flujo menstrual abundante y desaparece progresivamente a medida que desaparece la menstruación.

Por la diseminación de la enfermedad por la pelvis puede haber síntomas réctales, uretrales y vesicales. También es posible la afectación del nervio ciático con irradiación del dolor hacia la pierna. Con el progreso de la enfermedad puede haber entumecimiento y debilidad de la pierna.

A medida que progresa la enfermedad, el dolor ya no sólo ocurre durante la menstruación, sino que puede aparecer en la época de ovulación. Eventualmente el dolor se vuelve continuo por la reacción del organismo a la presencia de ese tejido ectópico, que produce distorsión anatómica de las estructuras pélvicas. Esta reacción consiste en la formación de adherencias y retracción del tejido, por el proceso inflamatorio severo.

También ocurre dispareunia, cuando el pene choca contra el fondo de la vagina y existen lesiones importantes de endometriosis en el fondo de la pelvis o existen adherencias que fijen los órganos internos. En condiciones normales, el pene choca contra el cuello del útero y se movilizan las estructuras internas, esto lo puede sentir la mujer durante el coito, pero como una molestia leve. Cuando hay endometriosis, se producen adherencias que inmovilizan las estructuras internas y el choque del pene contra el cuello del útero produce dolor.